Само два дена подоцна Освалд беше застрелан од сопственикот на ноќниот клуб Џек Руби, пред Освалд да објасни точно чија жртва е, а во меѓувреме се појавија многу различни шпекулации.
Дури и оние кои се сомневаат во вмешаноста на ЦИА во атентатот, признаваат дека необјавените документи може сериозно да ја засрамат агенцијата, особено ако се испостави дека тие не предупредиле никого за човекот за кого толку многу знаеле.
Официјалната истрага, завршена во 1964 година, утврдила дека 24-годишниот Освалд го извршил убиството на претседателот самоиницијативно без туѓа помош. Сепак, никој не можел да утврди каков мотив би имал еден млад левичар за убиство на либерален претседател посветен на унапредување на граѓанските права. Ситуацијата дополнително ја усложнува фактот што неговиот убиец Руби бил личност со сомнителен карактер, поврзан со мафијата, поради што повеќето Американци сметаат дека истрагата не ја открила целата вистина, пишува Дејли Мејл.
Во центарот на приказната е американската разузнавачка агенција ЦИА, која Џон Кенеди се закани дека ќе ја укине по неуспешниот обид за инвазија на Куба. Многу Американци веруваат дека комисијата задолжена за истрага на смртта на Кенеди предвреме ја ослободила ЦИА од секаква одговорност. Теориите на заговор дополнително се поттикнати од упорното одбивање на следните американски претседатели да ги објават на јавноста сите тајни документи поврзани со атентатот.
Повеќе од 61 година по атентатот, Доналд Трамп повторно го сврте центарот на вниманието на ЦИА, ветувајќи му на внукот на Џон Ф. Кенеди, Роберт Ф. Кенеди Џуниор дека ќе ги објави во целост преостанатите документи. Станува збор за илјадници делумно или целосно цензурирани страници за кои постои сомневање дека содржат дефинитивен доказ дека Освалд имал помош во планирањето на атентатот. РФК Џуниор ја напушти претседателската трка за да го поддржи Доналд Трамп, за што му беше доделена функцијата секретар за здравство. Тој со години инсистираше на тоа дека постојат „непобитни докази“ дека ЦИА била вмешана во смртта на неговиот вујко поради неговото одбивање да испрати американски војници во Виетнам.
Според Роберт Кенеди Џуниор, ЦИА сè уште одбива да ги објави сите документи за да се заштити. Меѓу необјавените документи има 181 страница со информации за животот на Освалд пред да го застрела Кенеди. Дури и оние кои се сомневаат во вмешаноста на ЦИА, признаваат дека необјавените документи може сериозно да ја посрамотат агенцијата, особено ако се покаже дека тие не предупредиле никого за личноста за која имале толку многу информации. Освалд бил под надзор на ЦИА од 1959 година, кога ја напуштил морнарицата и побегнал во Советскиот Сојуз, каде што се оженил со Русинка со која имал ќерка. Американските агенции преку него следеа различни левичарски организации поврзани со Куба.
Експертот за убиства на Кенеди, Џеферсон Морли, кој има напишано неколку книги на оваа тема, изјави за Дејли Меил дека верува дека Освалд бил изманипулиран од ЦИА или дури и агенти на Пентагон. „Дали ЦИА беше невнимателна? Го следеа сè до Дејли Плаза, а кога го застрела претседателот рекоа: „Ах, извини, го пропуштивме“, се прашува тој. Во 2022 година, портпаролот на ЦИА инсистираше на тоа дека агенцијата не крие информации за Освалд, наведувајќи дека се сокриени само имињата на агентите, изворите и локациите што ги користела ЦИА.
Сепак, постои уште една пречка меѓу Трамп и објавувањето на доверливи информации. Документот со најмногу измени се однесува на посетата на Освалд на Мексико само два месеци пред атентатот на Кенеди, организирана со цел да се добијат визи за Советскиот Сојуз и комунистичка Куба. ЦИА го следела преку прислушување на телефонските линии на амбасадата, што било овозможено со соработка со мексиканската влада. Морли тврди дека тројца последователни мексикански претседатели во 1960-тите и 1970-тите соработувале со агенти на ЦИА на проекти како што е прислушувањето на политичките ривали и дека владата на земјата би била „бесна и засрамена“ доколку документите бидат објавени.