Ова е прва сезона за Баерн по 12 години, односно по 2011/2012 година, во која не освоија ниту еден трофеј. Прво, избраниците на тренерот Томас Тухел во Бундеслигата се на второто место зад новиот шампион Баер Леверкузен, кој стави крај на 11-годишната доминација на клубот од Минхен во германскиот шампионат.
Во осминафиналето од Купот на Германија, Баерн шокантно беше елиминиран од третолигашот, а сега Реал Мадрид го запре на патот кон трофејот во Лигата на шампионите. Откако на првата средба во Минхен беше 2:2, Реал славеше со 2:1 за возврат на стадионот „Сантијаго Бернабеу“, а Хосела погоди во 88. и 91. минута откако Алфонсо Дејвис ги доведе Баварците во предност во 68. минута.
Раководството на Баерн со месеци бара тренер кој ќе го наследи Томас Тухел, кој беше договорен да го напушти клубот на крајот на сезоната, една година пред вистинскиот истек на договорот. Така, Баерн го очекуваат големи промени во следната сезона.
Во 2012 година Баерн беше втор во Бундеслигата со 73 бода, осум помалку од тогашниот шампион Борусија Дортмунд. Клубот од Дортмунд, тогаш под водство на Јирген Клоп, го декласираше во финалето на Купот на Германија (5:2), додека во финалето на Лигата на шампионите, Челзи беше подобар по пенали. Тренер на Баерн во тоа време беше Јуп Хејнкес.
